管理会社に泊まりにきていることがバレて同居人扱いになると言われました。
二人入居可のアパートなので同居申請するのは良いのですが姉は住民票をすでに自分のアパートの住所で登録していました。
同居申請する前に住民票を取得していたら問題になるでしょうか?
災害、非常時や日常の保安維持等のため、管理会社は入居者の実情を正確に把握する必要があります。同居者の申請を求められたのは主にその目的のためと思われます。
相談者様の建物は二人入居可の物件ということですので、例えば、水道代が入居人数によって変わってくる場合等はその精算を求められると思いますが、住民票を事前に移していたからといって、それが管理会社で問題にはならないと思います。
また、一般的に管理会社は入居者の住民票の登録場所を把握していません。例えば、学生さんで実家に住民票を残したままの人も多くいると思います。入居時に住民票を提出させられますが、通常は「移転前」の住所のもので、移転後に改めて提出を求めることもありません。今回、お姉さまの住民票の提出を求められているかもしれませんが、それは入居時に入居者全員の住民票を提出してもらっているから形式的に必要だからであり、「いつ」移したかを調べるためではないと思われます。(そもそもいつ移っていても住民票は行政手続き上のことなので、賃貸借契約上の問題にならないと思います)